自分用まとめです。
ハイビジョンビデオカメラで撮影したデータファイルはmtsやm2tsですが、こちらをmkvやmp4のコンテナに無劣化変換してしまおうというお話です。
実際の所mkvに関しては問題ありませんが、mp4については音声がAC3には難があるためAACに変換する必要があります。と言っても映像についてはそのままですので音声気にしないならmp4もOKな感じです。

まずはAvidemuxというソフトをダウンロードして来る必要があります。
http://avidemux.sourceforge.net/より入手可能です。
日本語版については
http://avidemux.sourceforge.jp/より入手可能です。

起動するとこんな感じの画面になります。FileからOpenにて目的のmtsないしはm2tsファイルを読み込みます。

ファイルを読み込みます。

読み込み終わったらOutput FormatをMkv Muxerにして、FileからSaveします。

Doneとなれば完了です。SSDなどで実行すれば相当高速で処理出来ます。

mp4で保存する場合はAudio OutputをCopyからAAC(Faac)またはAAC(lav)にして下さい。

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